มะนาวจะติดผลดีหรือไม่ดี การตัดแต่งกิ่งก็เป็นสำคัญถ้ามีกิ่งที่คดๆ งอๆ หรือว่ากิ่งไหนทำท่าจะไม่ดีประเภทเป็นโรคใบแห้งใบจุดให้ตัดทิ้ง ทรงพุ่มของต้นมะนาวจะต้องดูโปร่ง เพื่อให้ง่ายต่อการดูแลและเก็บผลผลิต เมื่อมะนาวย่างเข้าปีที่สองควรตัดกิ่งกระโดงออก เพราะเป็นกิ่งที่ไม่เป็นประโยชน์หรือกิ่งที่แคบจะต้องตัดออก โดยจะเก็บกิ่งที่มีประโยชน์สามารถสะสมอาหารเอาไว้แรกๆให้แต่งน้อยๆ ก่อน ต่อเมื่อเข้าสู่ปีที่ 3 ให้ตัดแต่งกิ่งที่แห้งตายออก ตัดแต่งกิ่งที่เป็นทรงพุ่งโปร่งในช่วงอายุ 4 ปี ควรตัดแต่งกิ่งออกไป 1 ส่วนใน 3 ของทรงพุ่ง เมื่อต้นมะนาวอายุ 6  ปี ควรตัดแต่งกิ่งออก 1 ส่วน 2 ของทรงพุ่ม เพื่อให้มีทรงพุ่มสวยและให้ผลดก ปราศจากการทำลายของโรคและแมลง การตัดแต่งกิ่งควรทำหลังจากเก็บเกี่ยวผลผลิตแล้ว กิ่งที่ถูกตัดแล้วควรนำไปเผาทำลาย อย่าปล่อยทิ้งไว้ตามโคนต้น เพราะจะทำให้เป็นแหล่งสะสมโรคได้ นอกจากตัดแต่งกิ่งแล้วควรปลูกพืชคลุมดิน เพื่อรักษาความชื้นของดิน และย่อยสลายปลดปล่อยธาตุอาหารให้แก่มะนาวไปด้วย หลังจากแห้งเหี่ยวตายควร เช่น ถั่วผี ถั่วคุดซู่ และ ถั่วลาย เป็นต้น